Uso: diagnóstico de infecções por Mycobacterium tuberculosis. A pesquisa direta de bacilos álcool ácido resistentes em escarro, pela coloração de Ziehl-Neelsen, é positiva em torno de 50-80%. Esta baixa sensibilidade não elimina a possibilidade de existir uma infecção por Mycobacterium. A pesquisa por métodos moleculares dá uma maior segurança nos resultados, aumentando a sensibilidade (95 -100%) e a especificidade, além de um resultado mais rápido. Interpretação: a PCR para Mycobacterium tuberculosis possui uma sensibilidade maior do que a baciloscopia direta, fornecendo o resultado em um tempo muito menor do que a cultura de micobactérias. Além disso, em algumas situações e em alguns materiais, o isolamento da micobactéria é extremamente difícil, de forma que a PCR se apresenta como uma opção de teste com boa sensibilidade, como é o caso do LCR.